Em 1818 na Enseada das Garoupas no Estado de Santa Cataraina foi fundada a primeira Colônia de Pescadores do Brasil denominada Nova Ericéia. Era administrada pela Marinha Portuguesa, na ocasião em que o Brasil era Reino Unido a Portugal. A família real portuguesa estava no Brasil e D. João VI reinava. Muitos anos se passaram até que o governo voltasse suas atenções para a pesca. Foi somente por volta de 1918, cem anos após a fundação da primeira colônia, que o cruzador José Bonifácio, sob o comando do oficial da Marinha de Guerra, comandante Frederico Villar, iniciou uma viagem pela costa do Brasil e em cada local que aportava a tripulação, composta inclusive de médicos e dentistas, atendia a população caiçara e promovia registro e criação de Colônias de Pescadores com a finalidade de representar e defender direitos e interesses de seus associados.
A missão do comandante Villar era a implantação do Programa Nacional de Pesca e Saneamento do litoral que tinha as seguintes preocupações básicas: acabar com as doenças que afligiam a população caiçara, o analfabetismo, a formação dos quadros do pessoal da Marinha de Guerra, a eliminação da exploração dos pescadores em decorrência da ação intermediária e servir de ponto de apoio para as ações do governo junto aos pescadores. Fruto da missão do comandante Frederico Villar hoje existem 850 colônias de pescadores, 26 Federações Estaduais e uma Confederação Nacional de Pescadores e Aquicultores, representando mais de 1 milhão de pescadores artesanais. As suas atividades foram regulamentadas através das Portarias no 471 de 26/12/1973 e Portaria no 323 de 3/6/1975, ambas do Ministério da Agricultura e Abastecimento. Atualmente, após muitos anos de espera com a aprovação do Senado Federal e da Câmara dos Deputados, o Governo Federal sancionou em 3/5/2008 o decreto lei no 11.699, transformando as colônias em sindicatos rurais, conforme parágrafo único do artigo 8o da Constituição Federal.
Hoje, a Federação dos Pescadores do Estado de São Paulo –FEPESP abrange 22 colônias de pescadores, 12 no litoral e 10 em águas continentais, algumas com mais de 80 anos de existência, representando mais de 30 mil pescadores artesanais. É de sua competência representar e defender direitos e interesses dos pescadores artesanais como requerer licenças de pesca, registros de embarcações, aposentadorias rurais, auxílio-natalidade, entre outras atribuições.